医療法人比較	医療法人	一般社団法人
根拠法	医療法	一般社団法人および一般財団法人に関する法律
設立規定	主たる事務所の所在地の都道府県知事の 許可を受けなければ設立が出来ない	その主たる事務所の所在地において設立の 登記をすることによって成立する
申請方法	年に2回 都道府県の事前審査	必要無し
許認可	半年程度の審査期間	必要無し
理事長	原則として医師または歯科医師	誰でもなれる
社員	3人以上	2人以上
社員資格	営利法人は不可	営利法人も可能
配当行為	不可	不可
事業内容	附帯業務として範囲が限定	特別な制限なし

一般社団法人による医療法人設立への対応として、2007年3月20日に各都道府県医政主管部(局)長あてに次のような厚生労働省医政局総務課長通知が出されています。
「医療法人以外の法人による医療機関の開設者の非営利性の確認について」
改正法の趣旨に鑑みれば、医療法人以外の法人についても非営利性の徹底を図ることが必要であることから、今般、医療法人以外の法人が解散した時の残余財産の取扱いについて、医療機関を開設する際に留意すべき点を定めたので、当該法人の開設許可の審査及び開設後の医療機関に対する検査にあたり十分留意の上厳正に対処されたいと。
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　記
(開設許可の審査に当たり、法人解散時の残余財産の取扱いについて確認する事項)
医療法人以外の法人が開設した医療機関について、解散した場合の残余財産が帰属すべき者に関する規定が、あらかじめ定款、寄附行為等で定められており、かつ、その者は、出資者又はこれに準ずる者以外の者であること。
これを受けて保健所が医療機関開設申請時のチェックポイントとされているのが、非営利性が徹底された一般社団法人であるかの確認です。
具体的には
・定款の中に、毎年の利益配当を行わない事を定めている
・解散した場合の残余財産の帰属先が公的な所として記載されていること
・役員のうちにしめる親族の割合が1/3以下である事
今後も一般社団法人による医療法人設立が増加する場合には、医療法人社団との相違点が多々あることから、何らかの対策が取られるのではないかと推察されます。